市場化的步伐先從化肥價格開始。2005年7月，國家發改委出臺的《改革和完善化肥價格調控機制的方案（草案）》就明確提出，要堅持市場化改革取向，全面放開化肥價格。2008年年底，國務院常務會議研究確定了“化肥改革國六條”，建立以市場為主導的化肥價格形成機制成為改革的方向。 在化肥價格市場化的同時，國家依然保留了許多優惠政策保證化肥行業發展的穩定性。化肥行業享受的政策優惠較多，例如優惠電價、優惠天然氣價、限制煤價上限、化肥運輸價格優惠及對化肥產品的價格直補政策等，不同程度上降低了化肥企業生產和銷售成本。2009年開始，國家通過進出口調控、淡季儲備、完善農資綜合補貼、提高糧食最低收購價等一系列措施，促進了化肥生產和流通行業快速發展。
然而，隨著我國經濟水平的逐步提升，天然氣、電力、運輸等化肥能夠享受優惠的行業，同樣在加快市場化進程。特別是十八屆三中全會的召開，確定了市場化改革的方向，各行各業全面向市場調控進發。同時，近年來化肥行業發展迅猛，“產能過剩”逐漸取代“供不應求”，成為化肥市場的主調。面臨新的形勢，重新定位化肥的產品屬性，逐步通過減少與其它產品相比的優惠空間來加快化肥產業市場化的改革。
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