生物有機肥，指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源，并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥和有機肥效應的肥料。農家肥是指農民將畜禽糞便、廄肥或農作物秸稈等混合，堆積而成的有機肥料。二者區別： 一是有益微生物差異
生物有機肥含有大量的有益微生物，微生物的活動能夠改善土壤理化性狀，抑制有害微生物的生長，促進作物生長；農家肥微生物含量較少，有益微生物和有害微生物共生。
二是肥效的差異
生物有機肥發酵時間短，腐熟徹底，養分損失少，肥效相對較快；農家肥露天長時間堆積，養分（特別是氮素）損失較多。
三是安全性差異
生物有機肥經過有益微生物的作用，基本消滅了畜禽糞便中原有的對作物生長有害的病蟲。另外，生物有機肥經過發酵，充分腐熟后施入土壤，不會造成作物燒根、燒苗，而農家肥腐熟不徹底，用量稍大，就會出現燒根、燒苗，導致減產。
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