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　微生物肥料是指用特定微生物菌種培養生產的具有活性微生物的制劑。它無毒無害、不污染環境，通過特定微生物的生命活力能增加植物的營養或產生植物生長激素，促進植物生長。根據微生物肥料對改善植物營養元素的不同，現介紹五種適宜無公害農作物的微生物肥料。
一、固氮菌肥料。微生物自生或與植物共生，將大氣中的分子態氮氣轉化為農作物可吸收的氨的過程，稱為生物固氮。生物固氮是在極其溫和的常溫常壓條件下進行的生物化學反應，不需要化肥生產中的高溫、高壓和催化劑，因此，生物固氮是最便宜、最干凈、效率最高的施肥過程。能在土壤中和許多作物根部固定空氣中的氮氣，為作物提供氮素營養，又能分泌激素刺激作物生長。此類肥料主要有自生固氮菌、聯合固氮菌等。
二、根瘤菌肥料。根瘤菌肥料，是指含有大量根瘤菌的一種生物肥料，能在豆科植物根上形成根瘤，可同化空氣中的氮氣，改善豆科植物氮素營養，主要有大豆、花生、綠豆等根瘤菌劑。根瘤菌肥主要用于拌種，在播種前，將菌劑加適量的清水拌成糊狀，再與種子拌 勻，置于陰涼處，稍干后拌少量泥漿裹種，最后拌磷、鉀肥或加少量鉬、硼微肥，立即播種。根瘤菌肥的用量，因作物種類和菌劑質量而定，如大豆一般每公頃用菌 劑3750-15000億個活的根瘤菌，質量好的菌劑（活菌數2億—3億個以上）每公頃用2250 克左右，注意菌肥拌種時，不能拌入雜菌、農藥以免影響根瘤菌的活性。另外，由于根瘤菌具有專一性，在施用時，應根據菌劑的特性選擇相應的種子，否則不能結瘤固氮。如大豆根瘤菌只能用于大豆、黑豆等作物，而不能用于豌豆和紫云英等作物。
三、磷細菌肥料。磷細菌肥料是能強烈分解有機或無機磷化物的微生物制品，其中含有能轉化土壤中難溶性磷酸鹽的磷細菌。能把土壤中難溶性磷轉化為作物可 以使用的有效磷，改善作物磷素營養。其種類有磷細菌、解磷真菌等。磷細菌肥料按生產劑型不同分為：液體磷細菌肥料、固體磷細菌肥料和顆粒狀磷細菌肥料。其 施用方法：磷細菌肥料應用于缺磷但有機質豐富的土壤上效果較佳，適用于各種作物，要求及早集中施用。一般作種肥，也可作基肥或追肥。具體施用量以產品說明 為準。①基肥。可與農家肥料混合均勻后溝施或穴施，施后立即覆土。②追肥。將肥液于作物開花前期追施于作物根部。③拌種。在磷細菌肥料內加入適量清水調成 糊狀，加入種子混拌后，將種子撈出待其陰干即可播種。種子拌種一般隨用隨拌，拌好后暫時不用的，應放置陰涼處覆蓋保存。移栽作物時則宜采用蘸秧根的辦法。
四、硅酸鹽細菌肥料。能對土壤中云母、長石等含鉀的鋁硅酸鹽及磷灰石進行分解，釋放出鉀、磷與其他灰分元素，改善植物的營養條件。主要有硅酸鹽細菌、 其他解鉀微生物等。目前的硅酸鹽細菌肥料劑型主要是草炭吸附的固體劑型，其生產條件、工藝要求、質量要求、使用方法與一般的微生物肥料相同，主要用于缺鉀 地區。我國農業土壤中的缺鉀問題日趨明顯，而我國鉀素化肥生產能力嚴重不足，每年需要進口。實際上土壤中鉀的總含量并不缺乏，只是速效鉀供應不足，研究和 開發利用解鉀微生物，闡明其作用機理是微生物肥料研究和應用中的一個重要課題。硅酸鹽細菌肥料適宜施用的作物種類多，在棉花、煙草、甘薯、玉米和果樹等上表現出較好的效果，產量的增加達10％左右，并能提高品質。施用方式主要為拌種、穴施和根外追肥。
五、復合菌肥料。含有上述兩種以上有益的微生物，他們之間互不拮抗并能提高作物一種或幾種營養元素的供應水平，并含有生理活性物質。（從寒）